XIII век принес Руси много бед. И главной среди них было нашествие монголов. За несколько лет монголы завоевали большинство русских земель и установили над ними свое владычество, или «иго». Русские земли обязаны были платить дань, а русского великого князя отныне назначали ордынские ханы, которые также вольны были казнить или миловать прочих князей. Лишь расположенный среди лесов и болот Новгород по-прежнему оставался вольным в князьях, призывая и изгоняя их по своему усмотрению. Степнякам-монголам было недосуг лишнее тащиться через обильные новгородские топи выяснять отношения со своенравным северным русским городом.

Однако, и Новгороду пришлось платить дань монголам. Это произошло зимой 1259/60 годов. За два года до этого, в конце 1257 года, монголы, учредив во Владимир-суздальской и рязанской земле податную перепись, отправились с этой же целью в Новгородскую землю, чтобы переписать лично всех взрослых мужчин, упорядочив, тем самым, сбор дани. Двигались они зимой, чтобы подойти к Новгороду, когда застывают многочисленные хляби топкого Приильменья. Именно в это время года по этой причине, вплоть до 1470-х годов и совершались все военные походы на Новгород. Однако, новгородцы дани монгольским послам не дали и отдарились разовыми дарами для хана.

Однако, хану хотелось сделать этот край своим постоянным данником. Зимой 1259/60 года хан послал новых послов, при этом, те привели с собой великого князя Александра Невского, назначив его лично ответственным за проведение переписи в Новгороде, как главы древнерусского государства и новгородского князя по совместительству. От новгородцев было потребовано, чтобы они дали «число», то есть, стали под перепись, иначе грозились прислать из орды подкрепление. В городе произошел раскол, одна из вечевых партий, в лице боярских представителей, стояла за то, чтобы уступить монголом и не доводить дело до боя. Другая партия, в лице «меньших», незнатных новгородцев, встала за новгородские вольности и чистоту Православной веры, которая, по примеру ветхозаветной притчи о Давиде, категорически возбраняла податную перепись. Но на деле эту партию возглавляли бояре — готовясь к обороне от Александра и монголов, не только меньший и черный люд, но и новгородцы вообще, стали сгружать в Детинец к городской святыне — Софийскому собору — свой скарб, чтобы в стенах крепости переждать осаду. Но когда Александр съехал из своей пригородной городищенской резиденции, не иначе, как в Орду за монгольским войском, новгородцы испугались и уступили монгольским требованиям. Город был переписан. Небогатые горожане были обременены дополнительными затратами в пользу ненавистных завоевателей. Как записал новгородский летописец, творили бояре себе легко, а меньшим — зло, но при этом, вторгшиеся в город монгольские переписчики — «численники» пили кровь боярскую, как видно, тех бояр, которые возглавляли партию противников податной переписи и потерпели особое наказание, как ее главари, являясь правящим аристократическим городским сословием и обладая на вече реальной полной власти. Александр же после этих событий прочно установил великокняжеский суверенитет над городом. Отныне все великие князья на Руси также автоматически были новгородскими князьями. Теперь они получили право собирать с новгородцев ордынский «выход», «черный бор», или регулярную дань монголам. Но вплоть до московского завоевания в XV веке князья в целом вынуждены были мириться с сильным новгородским вечевым строем и не могли установить над вольнолюбивым вечевым городом постоянной опеки. Но ордынские подати на первых порах сильно разорили Новгород, и вплоть до самого конца XIII века новгородцы не построили ни одной каменной церкви, хотя раньше и позднее строили их с завидным темпом.